舞台背景是明治时期，正值文明开化的帝都．东京。十六岁的少女仓桥镇，其父亲是个阴阳师，母亲则是具有召神能力的“护法实”。她所背负的命运，是如何将身上的三柱“九十九神”操纵自如，解除东京陷入黑暗的危机………